نماینده دائم کشورمان در سازمان ملل طی نامهای به دبیرکل سازمان ملل و رئیس شورای امنیت، آورده است: سازمان ملل اقدامات لازم را علیه عاملان ترور شهید فخریزاده انجام دهد.؛
رئیسجمهور در پیامی عنوان کرد: دشمنان بدانند با شهادت دکتر محسن فخریزاده خللی در اراده جوانان و دانشمندان ایران اسلامی در پیمودن مسیر رشد شتابنده علمی و فتح قلههای افتخار ایجاد نخواهد شد.؛
«محمد جواد ظریف» وزیر امور خارجه ایران در پیامی در توییتر نوشت که نشانههایی از نقش اسرائیل در ترور شهید فخری زاده وجود دارد.؛
وزارت امور خارجه ایران در توئیتی نوشت: خلیج فارس مدتهاست شاهد جنایات آمریکا در منطقه است.؛
رئیس مجلس شورای اسلامی گفت: سرویس های اطلاعاتی آمریکا، اسرائیل و برخی کشورهای منطقه پشت حادثه تروریستی مجلس بودند و برای کشتار دسته جمعی در خیابان های تهران برنامه داشتند. ؛